Con ellas se trata de evitar la unión inespecífica (blunt-end) de las sondas mediante bloqueo o eliminación de los grupos hidroxilo 3′ o fosfato 5′. Una variante denominada gapped-LCR está diseñada de tal modo que las sondas hibridan con el ADN diana pero no inmediatamente adyacentes (Figura-4), sino separadas por un hueco o gap; así, las sondas no hidridadas no podrán ser ligadas.

Para conseguir que las sondas se vuelvan adyacentes (y con ello que puedan ser ligadas) se emplea una ADN polimerasa y dNTPs apropiados para extender la sonda a través del gap (es crítico evitar la sobre o infraextensión que impedirían la ligación). La extensión de la polimerización se controla con los dNTPs adecuados, la eliminación de uno o más dNTPS asegura que la extensión terminará en el sitio apropiado.